I versi riportati accanto, tratti da un'epigrafe posta nella parete di sinistra dell'atrio della Basilica di Santa Maria in Trastevere, ci introducono in quello che può essere considerato a tutti gli effetti il primo museo epigrafico romano. Qui infatti sono conservati un gran numero di resti di resti marmorei e di epigrafi cristiane e pagane provenienti dalle catacombe e dalla Basilica Iulia e raccolte dal canonico Marcantonio Boldetti (1663-1749) durante il suo incarico di Custode delle Sante Reliquie e dei Cimiteri.
Numerosi frammenti portano incise semplici preghiere e simboli cristiani e sono una testimonianza della fede delle prime comunità cristiane, altri invece sono delle poesie vere e proprie. E' il caso dell'ex voto di Crescenzio i cui versi testimoniano la gioia di trovare in questa casa un luogo dove il Signore ascolta misericordioso le preghiere di chi si rivolge a lui con fede.
Le epigrafi, alcune anche in caratteri greci, riportano le rituali formule che testimoniano le benemerenze, gli affetti e le volontà del defunto, gli anni vissuti e rimandi al mestiere svolto in vita e ancora - come già detto simboli cristiani: oranti, colombe, ancore ecc.
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A sinistra e sulla parete frontale (a sinistra del portone centrale) sono conservati due affreschi della prima metà del Quattrocento: l'annunciazione e la Madonna con Bambino e S. Venceslao di Boemia. La Natività raffigurata alla destra del portone centrale è invece dell'Ottocento.
Sempre sulla parete centrale sono murati plutei e transenne, alcuni di notevole pregio, appartenenti alle diverse fasi costruttive della Basilica da quelli di età giuliana con incroci rettilinei e borchie centrali a quelli databili al IX secolo ornati di gigli e pavoni affrontati su una croce che si abbeverano ad un vaso.
Sulla parete di sinistra due sarcofagi cristiani, uno raffigurante una scena pastorale, l'altro Giona, entrambi del IV secolo. Databile al XII secolo è invece il sarcofago con leone passante c, immagine che contraddistingueva le sepolture di persone abbienti e nobili.
Nella controfacciata, addossata al IV pilastro è la memoria funebre di Innocenzo II, ricostruttore della basilica nel XII secolo. La data ivi incisa del 1148 è probabilmente relativa all'anno in cui le sue spoglie furono trasferite nella basilica di San Giovanni Fuori le Mura..
Le tre porte, che all'epoca di papa Innocenzo si aprivano tutte sulla navata centrale, furono ricollocate nell'attuale posizione alla fine del XVII secolo dal cardinale Marco Sittico Altemps; le cornici ottenute da elementi architettonici probabilmente provenienti dalle Terme di Caracalla sono decorate con ovoli, punte di freccia e girali di acanto. Il portone centrale presenta una seconda cornice di pavonazzetto.
Nell'anno giubilare 1625, e poi successivamente in quello del 1700 e del 1825, la porta centrale assunse dignità di Porta Santa per supplire a quella di San Paolo Fuori le Mura resa inagibile a causa di inondazioni e altre calamità. Questa la motivazione dell'iscrizione sul portone centrale Haec est porta Domini. Iusti intrabunt in eam (Questa è la porta del Signore. I giusti entreranno in essa).
La porta a sinistra viene aperta solo il Mercoledì delle Ceneri durante la preghiera delle ore 20.30 della Comunità di Sant'Egidio. Tutti, dopo aver ricevuto le ceneri, passano attraverso di essa. simboleggia quella porta stretta che nei Vangeli introduce alla conversione e alla beatitudine dei Figli di Dio.