Le prime notizie sulla costruzione di Santa Maria in Trastevere risalgono all'VIII secolo all'epoca di Adriano I (772-795) che aggiunse la navate laterali e ad un precedente impianto ad aula unica. Gregorio IV (827-844) ne sopraelevò il presbiterio e arretrò verso l'abside l'altare che si trovava al centro della navata coprendolo con un ciborio. Sotto l'altare venne scavata una cripta per dare più degna sepoltura ai corpi dei martiri Callisto, Giulio, Calepodio, Cornelio e Quirino che erano stati traslati il secolo prima nella Basilica; tra le due rampe di accesso al presbiterio fu aperta una fenestella confessionis attraverso la quale venerare i santi. Gregorio IV fece anche costruire la cappella del Presepe a imitazione di quanto fatto nella Basilica di Santa Maria Maggiore e un monastero per i religiosi addetti al culto. Ulteriori interventi si ebbero dopo il terremoto dell'847 e riguardarono soprattutto l'abside e il porticato.
L'impianto attuale della Basilica di Santa Maria in Trastevere è dovuto alla ricostruzione operata da papa Innocenzo II (1130-1143) appartenente alla ricca famiglia trasteverina dei Papareschi che, visto il grave stato di deterioramento in cui verteva la basilica, decise di riedificarla. La nuova chiesa venne eretta, servendosi come si usava allora di materiale di spoglio, nello stile romanico che ancora oggi la contraddistingue nonostante gli interventi operati nei secoli successivi.
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Fu creata quindi la nuova facciata a salienti, fu aggiunto rispetto all'impianto precedente il transetto e costruita una nuova abside ornata da preziosi mosaici.
La navata centrale fu delimitata dalle colonne di granito provenienti Terme di Caracalla. Papa Callisto era stato martirizzato sotto un imperatore appartenente, come Caracalla, alla famiglia dei Severi . Il reimpiego di marmi provenienti dalle sue Terme appariva come una sorta di opera di giustizia riparatrice, giustizia che sarebbe stata completata nell'Ottocento con l'abrasione o la copertura a stucco dei simboli pagani sui capitelli.
Innocenzo II morì prima che la ricostruzione della basilica fosse portata a compimento. Fu quindi il suo successore Eugenio III (1145-1153) a completarne la realizzazione e a costruire l'alto campanile romanico tutt'oggi esistente.
Il cardinale Bertoldo Stefaneschi tra la fine del XIII e l'inizio del XIV secolo commissionò a Pietro Cavallini i mosaici raffiguranti le storie della Vergine che decorano la tribuna dell'abside e sotto Niccolò V furono restaurati i mosaici della facciata.
I principali interventi dei secoli successivi, che hanno solo in parte modificato l'aspetto della Basilica, sono da attribuirsi al cardinale Marco Sittico Altemps che tra il 1584 e il 1587 fece erigere alla sinistra dell'abside la Cappella della Madonna della Clemenza (Cappella Altemps), al cardinale Pietro Aldobrandini che nel 1617 commissionò al Domenichino lo splendido soffitto a cassettoni della navata centrale e l'ottagono centrale raffigurante l'Assunzione di Maria, a papa Clemente XI che nel 1702 fece rinnovare il portico e a Pio IX che tra il 1865 e 1874 fece ricostuire il ciborio, modificare e abbellire la facciata, le pareti e la pavimentazione.